奇穴的应用，主要有两个方面：一是用于治疗所在部位的病变，如气喘治哮喘、腰眼治腰痛等；其次是治疗远隔部位的疾患，如大小骨空治目疾、二白治痔疮等。奇穴的作用，同样是通过经络的传导，以调整经气的异常变化。奇穴虽然没有列入十四经输穴系统，但其所在的部位并没有离开经络分布的领域。